ライフサイエンスDB統合の進め方全般へのご意見

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  • 集計分析に入らせていただきます。 今回は関係者一同非常に意義深いご教示をいただいて感謝しております。今後出来る限りご期待に沿えるように勤め、このような関係をさらに強固にする制度についても研究してみたいと思います。 最後に自分で長文を書いて記入のしにくさに気づきました。 -- 2007-04-14 (土) 11:07:00
  • 情報の分類と日本語化は予想以上に有効な研究支援であることが実感できました。英語は斜め読みできませんし、大きな時間節約になります。後は人々の評価の観点も入ると良いと思います。 -- 2007-04-04 (水) 15:42:19
  • もう少し図入りの解説を増やし、インターフェイスを工夫すると、生物学者も使う気分になるのでは。 -- 2007-04-03 (火) 19:58:53
  • 大変期待のできる内容と思います。国際的な標準化、連携の動向から乖離しないことを望みます。 -- 2007-04-03 (火) 13:49:06
  • ユニークな切り口が多く、今後に期待します。定期的に想定するユーザーの意見を聞きながら進めていただきたい。 -- 2007-04-02 (月) 09:56:04

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I. DB整備戦略のための研究俯瞰提供サイト (分野を知りデータを知る)

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  • 学会要旨は有用でKnowWho?としても使えそう、可能ならば研究室リンクも欲しい。研究動向も一見でも分かりやすく、色々に読み取れる可能性があり、意思決定支援に使えると思います。INSDCは分類と日本語化によって効率的な検索が可能になったと評価できます。 -- 2007-04-04 (水) 14:48:51
  • ここが非常にわかり難かった。特に目次部分。トップダウンでプロジェクトを作るときに参考資料とするためのものかもしれないが、官僚が使った場合これでわかるのだろうか?研究者の利用は限られないか?統合データベースの内部資料として整備するのは必要だと思うがかなりマニアックだと思う。学会要旨集は大きな需要があるだろう。 -- 2007-04-03 (火) 19:30:51
  • 学会要旨は学会数を増やし、継続してレコードを増やして欲しい。シノニムの辞書を作成して類似レコード検索ができると、さらに使いやすくなるかもしれない。データベースの目次作成については、有用であるがまとめ方が最も重要なポイントになるので、ユーザーの意見を聞いて項目を設定していただきたい。 -- 2007-04-02 (月) 10:01:34
  • データバンク統合において、「データ内容について質的な表現」とあるが、これは客観的事実(データ数など)についての記載にとどめるべきで、統合事業担当者による点数付け・主観的評価は安易にしないようにするべきである。DBのみならずサイエンス全般において、評価の持つ意味は大きいが、しばしば評価者の能力が問題になるので。 -- 2007-04-01 (日) 08:52:06
  • 日本の学会要旨統合は、できるだけ広い範囲で公開されるのであればたいへん有用である。多くの学会の協力を取り付けるためのincentiveを工夫する必要があるだろう。 -- 2007-04-01 (日) 08:48:21

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II. 統合技術開発・提供 (統合に足りない技術をつくる)

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  • オントロジーや辞書の日本語対応は必要なので進めて欲しい。種名には英名もつけて欲しいです。大変ですが実験手法なども充実されることを望みます。 -- 2007-04-04 (水) 14:59:11
  • 大変でしょうが、遺伝子名シソーラスはRefseq番号など慣用名?も含めて欲しい。でないと、素人が統合ボディマップなどを検索しにくい。 -- 2007-04-03 (火) 19:06:29
  • 大阪府立先人病センターとなっている。成人病? -- 2007-04-03 (火) 19:01:05
  • 海外との標準化についての連携を望みます。日本独自色を出しすぎると、将来にわたって国内研究成果の海外への普及をはかる際に、日本のオントロジー→世界標準のオントロジーへの変換のオーバーヘッドがかかることを懸念します。 -- 2007-04-03 (火) 13:57:41
  • シソーラス、オントロジーともに極めて重要であり、継続して欲しいが、国内で作成するだけではなく、海外との標準化を視野に活動してほしい。 -- 2007-04-02 (月) 10:03:28

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III. ポータルサービス (使える情報サイトに案内する)

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  • このままでも十分有用と思います。この次に串刺し検索、そして更に複合検索が望まれますが、多様なニーズへの対応は大変なので工夫は必要と思います。 -- 2007-04-04 (水) 15:11:42
  • 私の持つ「統合データベース」というイメージに一番近いのがここでしたが、現実には違いました。私のイメージは、NCBIのSearch All databasesのようなものです。キーワードを入れてボタンを押すと、日本中の「使える」DBに行って検索してくれて、その結果を返してくれる。現状では「統合」でなく、「ばらばら」データベースな気がします。 -- 2007-04-03 (火) 19:54:27
  • ディレクトリは傑作。 -- 2007-04-03 (火) 19:38:10
  • DBは玉石混淆であるので、ポータルと同時に、いくつかのシナリオ/ユースケースにそって代表的なDBのデータ処理チュートリアル、教材があるとどのDBを利用すればよいか分かりやすくなりよいと思います。 -- 2007-04-03 (火) 15:02:44
  • Webリソースポータルのまとめ方は初心者に極めて有用だと思う。DBポータルは意図は分かるがまとめかたが今ひとつの感じ。一覧性はWebリソースポータルの様にして、その他に、自分の知りたいことを文章で入力して検索できれば使い易いと思う。 -- 2007-04-02 (月) 10:06:28

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IV. 分子データベース整理統合 (1次データの統合整理)

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  • 遺伝子発現は様々なデータがあり判断が難しいが、グラフで一見して比較できて、色々な切り口で見れるのは大変良いと思いますので、ヒト以外にも拡張して欲しいと思います。 -- 2007-04-04 (水) 15:21:29
  • とにかく一次データについては膨大・多種多様であり、質・量も玉石混淆であるものをまずはarchiveとして集めてみて、その中からどのように検索・選択・整理・統合していくかを考えていくしかないのでは? -- 2007-04-01 (日) 13:31:16
  • 「分子」というのであれば、遺伝子やプロテインのみでなく、たとえば酵素に対する補酵素や基質、阻害分子なども対象に加えてほしいと思います。 -- 2007-03-31 (土) 20:50:33
  • どういう「統合」をすればいいのか、もう少し議論が必要かもしれません。 -- 2007-03-31 (土) 00:08:46
  • 今回の分野の幅が遺伝子発現データに限られているのでコメントが難しいかと思います。 -- 2007-03-29 (木) 12:01:47

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V. 人材の育成 (長期的な取り組みにむけて)

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  • 人材育成は重要ですが時間もかかります。下書き作業などは在宅作業や退職者ボランティアの活用で行い、クリーニングは研究者コミュニティーでという方法も併用という可能性はないでしょうか。 -- 2007-04-04 (水) 15:35:00
  • キュレーター、アノテーター、DBマネージャーの国内における地位を通常の研究者(ポスドク)並みに向上させる必要があると思います。優秀な人材の安定供給を考えると、学位を持ったに人にとってポスドクと同じくらいの選択しになるようにすべきです。 -- 2007-04-03 (火) 14:59:27
  • アノテーターの育成という考え方が良くわからない。当該分野の専門家が付けたアノテーションでなければ、そのまま信じることは危険と感じるので、アノテーターを育てるというよりも、各分野のトップ研究者にアノテーションしてもらうための方策を考えた方が良いのではないかと思う。 -- 2007-04-02 (月) 10:08:28
  • 副題として「長期的なとりくみにむけて」とかかれているように、いずれの取り組みも手を付け始めた段階であり、現状は評価を行える段階でないと思います。とはいえ、とても興味深いトライアルだと思いますので、これらの試みが更に具体化され、どのようにして人材を育成していくのか、より具体的なイメージ・フレームワークを提供してくださることを期待します。 -- 2007-04-01 (日) 00:27:02
  • 人材育成を行う上で大きな障害となっているのが、専門用語の日本語と英語の隔たりの大きさです。戦前のニセドイツ語ベースの専門用語を改め、事実上の国際標準となっている英語ベースの用語にに切り替えてほしいです。 -- 2007-03-31 (土) 20:57:58

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サイト内用語解説

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  • 知らない用語もあるので、必須ではないですが、簡単な日本語解説は便利と思います。 -- 2007-04-04 (水) 15:37:35
  • 内容の管理は必要ですが、Wikiベースにして、広く書込みしてもらう方式は如何でしょうか。 -- 2007-04-02 (月) 10:09:34
  • 用語説明についてはWikiPedia式に第三者評価を加えたもの、もしくはAmazon式niが理想的と思います。 -- 2007-03-31 (土) 21:03:01
  • 用語解説に関しては、WikiPedia?式() が -- 2007-03-31 (土) 21:01:00
  • 用語を蓄積していけば、特徴のあるサイトになると思います。 -- 2007-03-31 (土) 00:20:58

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